法務局は申請を止めるようには言わないと思います。

申請自体は受け付けるけれども、不許可になるケースでしょう。

何か要件を満たさない点があると、判断されています。

揃わない書類でもあるのでしょうか?

その点を確認した上で、要件を整えて申請したほうが無難です。